После выполнения команды apt-get update , в локальную базу пакетов попадают списки пакетов только тех репозиториев, которые были описаны в sources.list на момент исполнения команды. Всё остальное (которое было в списке до обновления) забывается. Другими словами, в локальной базе остаются только актуальные списки.