В версии 1.10.9 (ArchLinux) обработка листа ссылок идёт последовательно, если указан параметр --max-concurrent-downloads - это количество одновременных закачек (не путать с потоками!). Соответственно, если он выставлен например в "3", то в списке из 12-ти ссылок, закачка пойдёт сначала с первых трёх, а потом - по мере завершения, но одновременно будет идти 3 закачки. За количество потоков отвечает --max-connection-per-server
В версии 0.14.0 (Debian Lenny) система аналогичная. Параметр --max-concurrent-downloads также указывает на кол-во одновременных закачек, но за кол-во потоков отвечает параметр s или --split=N.
В документации к aria2 в /usr/share/doc/aria2c есть несколько примеров.
Вобщем, для закачки по одной ссылке из списка, надо выставить параметр --max-concurrent-downloads в "1"